A Magyarországi Francia Intézet támogatja a francia-magyar tudományos és egyetemi együttműködést, népszerűsíti a francia tudományos kutatást és felsőoktatást, valamint figyelemmel kíséri a tudományos életet és a felsőoktatást mindkét országban, illetve európai szinten. A tudományos és egyetemi együttműködés számos olyan megállapodáson és egyezményen alapul, amelyek közvetlenül összekapcsolják a két ország felsőoktatási és kutatási intézményeit.
Ennek jegyében a budapesti Francia Intézet Tudományos, Egyetemi és Közigazgatási Együttműködési Osztálya számos projektet és programot valósít meg: franciaországi tanulmányokat népszerűsítő rendezvények, hallgatók és kutatók mobilitását támogató pályázati felhívások, szakértői tapasztalatcserék, konferenciák, tudományos szimpóziumok, kerekasztal-beszélgetések és vándorkiállítások. A programokon minden tudományág szerepet kap.
Az Osztályon belül működő Magyarországi Campus France iroda tájékoztatást nyújt a diákoknak, leendő egyetemi hallgatóknak a franciaországi továbbtanulási lehetőségekről és segíti őket terveik megvalósításában. Ezenfelül koordinálja a korábban Franciaországban tanulmányokat folytató magyar diákok hálózatát.
A Magyarországi Francia Intézet jogi, közigazgatási és intézményi együttműködéseket is koordinál, illetve támogat Magyarország és Franciaország között, ami tapasztalatcserék, szimpóziumok és konferenciák szervezésében valósul meg.
Ennek keretében segíti a két ország intézményei és egyetemei közötti együttműködést a jogtudomány területén, azzal a céllal, hogy előmozdítsa a francia és a magyar jogrendszer egymáshoz való közeledését. Civil szervezetekkel is kapcsolatban áll, pályázati felhívásokon keresztül támogatja számos szervezet emberi jogokkal, jogállamisággal és környezetvédelemmel kapcsolatos projektjeit. A Magyarországi Francia Intézet koordinálja a magyar közszolgálati tisztviselők és bírók franciaországi képzését az Institut National du Service Public (INSP), illetve az Ecole Nationale de Magistrature (ENM) intézményekben.
Mindemellett ösztönzi a magyar és francia helyi önkormányzatok közötti decentralizált együttműködést azáltal, hogy szorgalmazza a testvérvárosi kapcsolatok kialakítását és a jó gyakorlatok megosztását a közigazgatás és a környezetvédelem terén.